Bộ phim Siêu Điệp Viên được dựa trên phim truyền hình Israeli mang tên “The Gordin Cell” và được điều chỉnh để phù hợp với mối quan hệ giữa Nam và Bắc Hàn. Câu chuyện giả tưởng được bắt đầu ngay sau khi Phó Tổng thống Jang Sung Teak của Bắc Hàn chính thức đương nhiệm (tại đời thực). Rồi một ngày, một mật lệnh được gửi đến cho cựu điệp viên Park Hye Rim, người đang sinh sống tại Nam Hàn như một người nội trợ bình thường. Bà được yêu cầu quay trở lại tổ chức và mang theo con trai mình là Kim Seon Woo, người sở hữu một trí nhớ siêu phàm, một thiên tài phân tích và hiện đang làm việc cho Cục Tình báo Quốc gia. Lee Yoon Jin, bạn gái của anh, là một hướng dẫn viên du lịch cho một đoàn khách Trung Quốc nhưng cô lại không thể nói được Tiếng Trung. Tình yêu của họ chớm nở khi cô được Seon Woo giúp đỡ trong khi phiên dịch. Giờ đây, Park Hye Rim bị buộc phải chọn giữa gia đình hoặc Tổ quốc và cuộc sống của bà cũng dần bị đe dọa từng ngày.