Ở phần này mặc dù L chấp nhận cho Light cùng hợp tác trong tổ điều tra nhưng anh vẫn nghi ngờ Light chính là KIRA. Mặc khác Light cũng đang tìm cách biết được tên thật của L. Cuốn sổ Death Note của Light cũng đến trang cuối và L sẽ là nạn nhân "chốt danh sách"? Và KIRA có thành công trong ý định làm "trong sạch" thế giới. Trong lúc này lại có một cuốn Death Note thứ 2 xuất hiện...

Yagami Raito là một sinh viên đại học bình thường. Một ngày nọ, cậu nhận được một quyển sổ làm đảo lộn cuộc sống của mình. Quyển sổ thức tỉnh ý thức công lý và khả năng thiên tài tiềm ẩn trong cậu. Cậu trở thành kẻ giết người Kira, dùng quyển sổ trừng phạt bọn tội phạm hung ác. L là một thám tử tư nổi tiếng. L nhận định Kira là kẻ xấu và quyết tâm bắt Kira. Sau đó, N, một người có vẻ ngoài xinh đẹp nhưng vô cùng nguy hiểm, xuất hiện.