Đảo Hải Tặc: Z - Kỳ Phùng Địch Thủ có nội dung là được so sánh với Vũ khí cổ đại, con át chủ bài của hải quân, viên đá Dyan đột nhiên bị đánh cắp bởi một người đàn ông vô cùng mạnh mẽ, cựu đô đốc hải quân Z sẽ là đối thủ của băng hải tặc Mũ Rơm. Tổng bộ Hải Quân tiến tới việc đối phó với âm mưu đe dọa làm lung lay các trụ cột của Tân Thế Giới. Ở nơi khác, Kuzan trợ giúp cho băng Mũ Rơm. Cuối cùng, Luffy và đồng đội của mình tiến lên chống lại Z cùng sức mạnh kinh hoàng của ông ta.

Câu chuyện bắt đầu từ một nhân vật, "Golden Leo" - Shiki. Shiki vốn là một hải tặc vĩ đại sánh ngang tầm với Roger - "Vua hải tặc". Trong suốt cuộc đời, Shiki luôn thích làm những "điều vĩ đại và đáng sợ". Shiki và Roger từng trải qua nhiều trận thư hùng làm chấn động biển khơi trước khi Roger tự nộp mình cho hải quân. Hay tin Roger bị bắt, Shiki nổi cơn lôi đình, vì cho rằng mạng sống của Roger chỉ mình hắn được quyền lấy. Trong cơn tức giận, Shiki đã một mình đến căn cứ hải quân, giết vô số quân lính với mục đích tìm Roger. Ở đây, Shiki đã gặp Garp - Ông của Luffy, phó đô đốc huyền thoại của hải quân và Sengokou - người sau này trở thành Đại đô đốc thống lĩnh toàn bộ lực lượng hải quân. Trận thư hùng của 3 người diễn ra long trời lở đất? Ai sẽ là người chiến thắng? Hậu quả của cuộc chiến kéo dài sau 20 năm sẽ như thế nào?