Nhân dịp nghỉ hè, Nagasumi cùng gia đình về vùng biển Setouchi thăm bà nội. Trong lúc bơi, do trình bơi lội quá là cùi bắp, nên cậu ta đã bị chết đuối, may mà được một cô bé người cá cứu sống. Sau khi kể lại câu chuyện trên cho ba mẹ (Và bị họ một mực cho là nói phét), một cô gái tên San bỗng xuất hiện, và cầu xin Nagasumi hãy cưới mình. Theo sau San là hai nhóm côn đồ, chúng đã bắt Nagasumi và gia đình cậu xuống nhà của San ở tít dưới đáy biển sâu. Vẫn chưa đủ lạ, xuống đó rồi, 3 người mới biết ba mẹ San chính là trùm của băng xã hội đen vùng Setouchi này. Theo luật của người cá, những ai để cho người lạ biết thân phận thật của mình đều sẽ phải chết. Nagasumi phải chọn lựa 1 trong 2 điều, hoặc là cưới San, hoặc là phải chết. Và cậu chàng đã quyết định sẽ cưới cô nàng người cá này.

Rintarou Okabe, lãnh đạo của "Viện nghiên cải tiến máy móc tương lai", gặp Kurisu Makise, một cô gái thiên tài. Và khi sự tình cờ đó trở thành một sự kiện có thể ảnh hưởng đến tương lai của cả thế giới, thì bản thân Okabe, người đang lơ lửng trong phát minh vĩ đại của thế kỷ, cũng không cách nào biết được ...

Đây là một đường kết khác của Steins;Gate nơi mà Okabe thất bại trong việc cứu Kurisu. Anh quyết định từ bỏ cá tính của một nhà khoa học để có thể quên đi quá khứ. Khi mọi thứ dường như đã bình thường trở lại, anh dường như bị quá khứ níu lại khi gặp một người quen của Kurisu, và được kể là họ đang thử nhiệm một thiết bị lưu trữ trí nhớ của con người và tạo nên một A.I. mô phỏng nó với tính cách của chủ nhân. Okabe bắt đầu thử nhiệm và nhận ra mô phỏng của Kurisu đã mang lại nhiều đau khổ và nhiều bi kịch mới...