Bộ phim kể về cô học sinh năm nhất Suzumiya Haruhi không thích giao du với người bình thường mà chỉ muốn làm bạn với người ngoài hành tinh, du hành gia xuyên thời gian, siêu năng lực gia. Thế là cô cùng anh bạn mới quen của mình là Kyon thành lập Đoàn SOS. Mục đích là để tìm hiểu những hiện tượng siêu nhiên nhưng cuối cùng lại trở thành những trò quậy phá của Haruhi