Lúc Kenshin bắt đầu cuộc sống mới cùng Kaoru và bạn bè thì anh nhận được yêu cầu từ chính quyền Minh Trị. Makoto Shishio là một cựu sát thủ như Kenshin, bị phản bội và bị thiêu sống, nhưng hắn đã thoát chết và hiện đang ở Kyoto, cùng đồng bọn âm mưu lật đổ chính quyền. Trái với ý nguyện của Kaoru, Kenshin bất đắc dĩ nhận nhiệm vụ, đến Kyoto để ngăn cản cuộc nội chiến sắp xảy đến với đất nước của mình.

Cuộc chiến của hai kiếm khách huyền thoại Rurouni Kenshin và Shishio Makoto đã đến hồi căng thẳng. Shishio đưa chiến hạm của mình về hướng Tokyo, với mục đích lật đổ chính phủ Minh Trị, đưa Nhật Bản trở về thời biến lọan. Kenshin gặp muôn vàn khó khăn và suýt bỏ mạng khi chiến đấu với hỏa kiếm hủy diệt của Shishio cũng như các phong cách chiến đấu đa dạng của lũ tay sai dưới trướng hắn. Để ngăn cản Shishio, Himura Kenshin buộc phải tìm được đến sư phụ dạy kiếm thuật của mình để học tuyệt chiêu cuối cùng của phái Phi Thiên Ngự Kiếm...