Câu chuyện của phần phim thứ ba này xoay quanh việc Giáo sư Albus Dumbledore (Jude Law) phát hiện ra việc Phù thủy Bóng tối quyền năng Gellert Grindelwald (Mads Mikkelsen) đang âm mưu chiếm lấy quyền kiểm soát Thế giới Phù thủy. Không thể một mình ngăn chặn đoàn quân hùng mạnh của của Grindelwald, Dumbledore đặt niềm tin vào Nhà nghiên cứu sinh vật huyền bí Newt Scamander (Eddie Redmayne) cùng đồng đội thực hiện nhiệm vụ đầy hiểm nguy này. Trong tình thế ngàn cân treo sợi tóc như vậy, liệu thầy Dumbledore có thể đứng ngoài được bao lâu?

Phim kể về một kỳ nghỉ êm ái và thú vị của hai ông bạn già. Fred, nhà soạn nhạc và là nhạc trưởng đã nghỉ hưu. Mick, một đạo diễn phim vẫn còn làm việc. Danh vọng, tiền tài, trí tuệ… là những thứ người ta theo đuổi khi còn trẻ. Nhưng ở tuổi xế chiều, khi đã có tất cả những thứ đó trong tay, con người cảm nhận thế nào về cuộc đời? Họ có thỏa mãn không?

Sau khi bị bắt ở phần một, sang phần 2 phù thủy hắc ám Gellert Grindelwald (Johnny Depp) đã thoát ra như tuyên bố và bắt đầu kêu gọi tay sai đi theo mình. Người duy nhất có thể ngăn chặn hắn là người mà hắn từng coi là bạn thân nhất Albus Dumblerdore (Jude Law), ông sẽ phải nhờ đến sự giúp đỡ của Newt Scamander, người học trò cũ của mình.