Tác giả đã giải thích rằng movie thứ hai này có thể được mô tả như một dạng kết của Boku no Hero Academia. Đó là vì câu chuyện được sử dụng bao gồm những chuyện cũng sẽ xuất hiện trong trận chiến cuối cùng của manga. Do đó, ông cũng tuyên bố movie thứ 2 này sẽ có "Plus Ultra" nhiều hơn cả movie đầu tiên.

Hinata lại bị sát hại bởi băng đảng Tokyo Manjikai trước mặt Takemichi. Để cứu Hinata, Takemichi du hành ngược thời gian 10 năm một lần nữa. Takemichi phải thay đổi một vụ án quan trọng để có thể cứu Hinata. Vụ án mấu chốt liên quan đến một sự việc đáng buồn xảy ra với 6 người đàn ông, những người sau này đã thành lập băng đảng Tokyo Manjikai.

Vào thời điểm này tại quá khứ, Toman đang phải đối đầu với băng nhóm nổi loạn tên Valhalla - Thiên sứ không đầu. Giờ hẹn đã điểm, 2 băng đối đầu nhau với sự chứng kiến của những băng đảng máu mặt trong giới giang hồ. Tuy nhiên, án mạng đã xảy ra, sự việc vượt sức tưởng tượng khiến Mikey hắc hóa và nguy cơ có thêm người chết càng cao. Takemichi cảm thấy mọi việc đang đi theo hướng mà Kisaki đã sắp đặt. Cậu quyết tâm vùng dậy ngăn chặn âm mưu xấu xa của Kisaki, để bảo vệ Hina cũng như Toman trong tương lai sắp tới...