6 tháng sau sự kiện ở phần 1, Neo được coi là cứu tinh mới của loài người. Trước nguy cơ bị hàng nghìn cỗ máy săn lùng tấn công vào thành phố Zion, bộ ba Neo, Morpheus, Trinity phải đi tìm lời khuyên từ Nhà tiên tri. Trong khi đó, đặc vụ Smith lại trở nên mạnh hơn bao giờ khi hắn có khả năng nhân số lượng bản thể lên nhiều lần.

Cư dân thành phố Zion chuẩn bị cho cuộc bảo vệ thành phố khỏi làn sóng tấn công của các cỗ máy. Trong khi đó, Neo bị mắc kẹt ở khoảng giữa "thế giới thực" và ma trận. Còn đặc vụ Smith lại đang có một toan tính có thể tiêu diệt cả hai phe máy móc lẫn con người.

Phim kinh dị (Scary Movie) là một series phim hài thú vị. Trong phần 1, phim tập trung nhái mấy cảnh trong mấy phim kinh di như: I Know What You Did Last Summer, Scream nhưng thay vì những cảnh quay đáng sợ như phiên bản gốc, sự hài hước xuất hiện ở từng chi tiết, từng nhân vật, từng cảnh quay trong phim và sẽ theo người xem từ đầu đến cuối phim. Đây được xem là đối thủ đáng gờm của American Pie.

Một buổi truyền hình trực tiếp của chương trình trò chuyện đêm khuya năm 1977 đã không diễn ra như dự định khi ma quỷ xuất hiện trên sóng.