Phim "Khổng Tử" xoay quanh cuộc đời của Khổng Tử, nhà tư tưởng lớn của Trung Quốc, sống cách nay hơn 2 thiên niên kỷ (551–479 trước Công nguyên). Ở tuổi 55, Khổng Tử là bộ trưởng bộ hình của nước Lỗ nhưng do thất vọng nên rời bỏ nước này. Ông tới nhiều nước, truyền bá tư tưởng triết học của chính mình nhưng ít được vị vương hầu nào thực sự để ý. Khổng Tử có rất nhiều đệ tử, như Phật Thích ca, Chúa Jesus hay Thánh Muhammad.Nhưng ông không phải là người sáng lập một thứ tôn giáo mà trở thành thầy giáo. Tư tưởng triết học của ông, gọi là Khổng giáo, được hậu thế truyền bá, phát triển, để 6 thế kỷ sau khi ông mất, nhà Hán lấy đó ...

Nội dung phim bắt đầu khi đất nước phải đối mặt với hàng loạt hiện tượng kỳ lạ mà trời đất bất ngờ trừng phạt. Trước tình thế đó, Khương Tử Nha quyết định rời khỏi núi Côn Luân và mang theo Bảng Phong Thần đến chỗ Thương Vương Ân Thọ để giải cứu chúng sinh khỏi cảnh lầm than. Khương Tử Nha không biết rằng ngọn nguồn của mọi tai họa đều đến từ sự thông đồng giữa Thương vương Ân Thọ, yêu hồ Đát Kỷ và Thân Công Báo. Điều này tạo nên một cuộc đối đầu gay go và quyết liệt giữa cái thiện và cái ác. Thương vương Ân Thọ đã trở thành một đại ác nhân. Trong khi đó, Thân Công Báo sở hữu võ công cao cường, có khả năng tách đầu ra khỏi cơ thể, tạo ra mối nguy hiểm lớn cho Khương Tử Nha và đồng đội.