Chứng kiến quê hương bị tàn phá, chàng thanh niên Eren Yeager quyết tâm chiến đấu với bọn Titan khổng lồ đang đe dọa hủy diệt loài người.

Vô tình giải phóng bộ thẻ bài ma thuật được niêm phong nhiều năm trong một quyển sách, cô bé Sakura phát hiện ra mình đang nắm giữ một sức mạnh kì diệu. Sau đó cô bé được giao nhiệm vụ thu phục lại tất cả các thẻ bài đã chạy thoát, nhằm ngăn chặn chúng phá huỷ thế giới.

Vào năm 2015, Angel (Thiên Thần), những sinh vật hung tợn to lớn mạnh mẽ và không rõ nguồn gốc, lần thứ hai xuất hiện tại thành phố Tokyo-3. Hi vọng duy nhất cho sự tồn tại của nhân loại được đặt vào Evangelion, một cỗ máy chiến đấu dạng người được phát triển bởi NERV, cơ quan đặc vụ của Liên Hiệp Quốc. Có khả năng chống trả lại các đòn công kích của Angel nhưng điểm yếu sót lại của Evangelion là chỉ một vài người có tố chất mới có thể điều khiển được. Đó phải là những thanh thiếu niên được sinh ra vào 14 năm trước, 9 tháng sau khi lần đầu tiên Angel xuất hiện. Trong đó có Ikari Shinji, một thiếu niên có bố là tổng chỉ huy NERV đã phát triển và đang điều hành Evangelion. Lần đầu tiên gặp mặt bố sau bao năm xa cách nhưng cậu đã bị bắt ép ngồi vào buồng lái Eva để chiến đấu chống chọi lại Angel. Trong hoàn cảnh ấy, Shinji phải quyết định lựa chọn chiến đấu hoặc đánh mất tất cả.

Tại một quán ăn gia đình tại Hokkaido, Takanashi Souta, một học sinh 16 tuổi đang làm thêm cùng với những người bạn lạ lùng của mình: Taneshima Popura, một senpai lớn hơn cậu 1 tuổi nhưng thường bị tưởng lầm là học sinh tiểu học. Shirafuji Kyouko, 26 tuổi, một bà chị quản lý nóng tính và những nhân viên có lòng nhiệt huyết tràn trề khác cùng những bí ẩn xoay quanh họ.