Dragon Cry là một tạo tác ma thuật có sức mạnh chết người, được tạo thành một cây trượng bởi sự giận dữ và tuyệt vọng của loài rồng đã tồn tại từ lâu. Giờ đây, sức mạnh này đã bị đánh cắp khỏi tay vương quốc Fiore bởi kẻ phản bội bất chính Zash Caine, kẻ đã cùng nó chạy trốn đến đảo quốc Stella nhỏ bé. Sợ hãi vì quyền lực đã rơi vào tay kẻ xấu, vua xứ Fiore vội vàng cử Fairy Tail đi lấy quyền trượng. Nhưng nhiệm vụ này tỏ ra đáng sợ vì một bí mật bóng tối nằm ở trung tâm của vương quốc Stella. Dragon Cry tiếp nối câu chuyện của họ khi họ tập hợp tất cả sức mạnh của mình để phục hồi các nhân viên bị đánh cắp và cứu cả hai vương quốc.

Ở vùng núi phía bắc Fiore là Ngôi làng Lửa, nơi lưu giữ một di tích màu xanh lam tươi tốt được gọi là Đá Phượng hoàng. Được giao cho một người phụ nữ bí ẩn tên là Éclair, nó được cho là chứa sức mạnh của một con phượng hoàng cổ đại. Cô ấy lang thang khắp vùng đất một mình và bảo vệ viên đá khỏi bị tổn hại, mặc dù không nhớ tại sao nó lại được cô chăm sóc và chỉ có một hồi ức mờ nhạt nhất về nơi cô phải lấy nó. Sau khi chạm trán với hội phù thủy Fairy Tail, Éclair nhận được lời đề nghị từ Natsu Dragneel và những người bạn của anh để giúp cô khám phá những bí ẩn xung quanh viên đá. Tuy nhiên, giữa cuộc hành trình của cả nhóm, Éclair bất ngờ bị tấn công và viên đá bị lấy đi từ cô. Với điều này, những ý định bất chính nhằm hồi sinh phượng hoàng rực lửa vì sức mạnh vô song của nó được đưa ra ánh sáng, và các pháp sư của Fairy Tail thấy mình trong một tình huống có thể gieo rắc tai họa. Bây giờ họ phải cùng nhau ngăn chặn sự hồi sinh của phượng hoàng và cứu thế giới khỏi đống đổ nát.