Một vụ ám sát đã xảy ra trước mắt Conan. Nạn nhân là cảnh sát Narasawa Osamu hiện đang điều tra vụ án từ 1 năm trước. Quan sát thấy hung thủ cầm ô tay tay phải nên Conan suy luận ra hắn thuận tay trái. Ngay sau đó, vụ thứ 2 đã xảy ra. Người bị giết là cảnh sát Shiba Yoichiro bị bắn ở hầm gửi xe Midoridai. Dựa vào vỏ đạn thu ở hiện trường cảnh sát biết được hai cảnh sát bị giết cùng một khẩu súng. Liệu 2 vụ án này có liên quan đến nhau? Vụ án Narasawa và Shiba điều tra là gì? Thủ phạm vụ án 1 năm trước có liên quan đến 2 vụ án hiện tại không? Ai sẽ là mục tiêu tiếp theo của hắn?

Sở cảnh sát nhận được thông tin về một vụ nổ ở Viện vi sinh học Tokyo thuộc thành phố Tokyo Nishitama do một nhóm khủng bố mang tên Red Shamu-Neko (Mèo Xiêm Đỏ),và có thể chúng đã lấy đi một loại virus vô cùng nguy hiểm. Trong khi đó, để truy bắt Kid, bác của Sonoko, Suzuki Jirokichi, đã sắp đặt một khí cầu lớn mang tên Bell 3, trên đó có chứa viên đá quý "Thiếu nữ bầu trời". Nhóm Mori Kogoro và Đội Thám tử nhí cũng được mời tham gia chuyến bay đến Osaka này. Không may,toàn bộ con tàu đã bị bọn khủng bố nói trên áp chế, và đe dọa sẽ cho nổ cả con tàu nếu có ai manh động. Đồng thời, trên tàu đã có người bị trúng độc. Ran cũng có triệu chứng...!? Shinichi xuất hiện...!?Conan cũng được tin Heiji: Cả Osaka đã biết về vụ việc, và ...

Câu chuyện bắt đầu với một tên được coi là mối đe dọa của chính phủ Nhật Bản, nhưng óc siêu phàm Conan sẽ ngăn chặn mọi tai họa có thể ập đến khi đường hầm xe điện ngầm bị nổ tung. Conan đã tìm ra được rằng có sự liên hệ giữa một ngôi làng đã bị dời đi vì một dự án làm con đập, và cậu ấy phải chạy đua để ngăn tên tội phạm trước khi có một vụ án mạng nào xảy ra.

Giáo sư Uiro được Ngọc Rồng hồi sinh và âm mưu thống trị thế giới. Để kéo dài tuổi thọ, lão đã tự tạo ra cho mình một con robot và cố gắng tìm ra người mạnh nhất thế giới. Vì nghĩ rằng Quy Lão là người mạnh nhất thế giới nên lão đã bắt cóc cả Bulma lẫn Quy Lão về căn cứ của mình. Liệu Goku có cứu được Quy Lão hay không?

Bộ phim hoạt hình thứ 9 của bộ truyện tranh Thám tử lừng danh Conan lấy bối cảnh trên một con tàu du ngoại sang trọng & đắt tiền. 15 năm trước, có một con tàu du ngoạn tên "Yashiromaru", được đóng bởi tập đoàn Yashiro, bị đắm khi đang thả buồm. Hiện tại, có một con tàu mới, chiếc "Saint Aphrodite", cũng được đóng bởi tập đoàn Yashiro. Conan, Sonoko & những người khác là khách mời trên con tàu ấy. Ngày thứ 2 trên con tàu, bà chủ của dòng họ Yoshiro được phát hiện bị giết trong căn phòng của bà ta. Ngay sau đó, chủ tịch của tập đoàn Yashiro cũng bị phát hiện mất tích. Ông ấy đã bị ném từ trên con tàu xuống biển. Có vẻ như thủ phạm của 2 vụ án là cùng 1 người. Tại bữa tiệc chào mừng, thám tử Kogoro đưa ra suy luận của ...