Hai băng đảng tàn bạo xâm phạm khiến thỏa thuận đình chiến yên bình ở khu vực SWORD bị phá vỡ, từ đó lòng trung thành rạn nứt và sự thù địch bùng nổ.

Khi hai cậu em trai nhà Amamiya tìm kiếm người anh cả đang mất tích, họ lật mở sự thật về thảm kịch đã xảy ra với gia đình mình nhiều năm về trước.

Lúc Kenshin bắt đầu cuộc sống mới cùng Kaoru và bạn bè thì anh nhận được yêu cầu từ chính quyền Minh Trị. Makoto Shishio là một cựu sát thủ như Kenshin, bị phản bội và bị thiêu sống, nhưng hắn đã thoát chết và hiện đang ở Kyoto, cùng đồng bọn âm mưu lật đổ chính quyền. Trái với ý nguyện của Kaoru, Kenshin bất đắc dĩ nhận nhiệm vụ, đến Kyoto để ngăn cản cuộc nội chiến sắp xảy đến với đất nước của mình.

Ba người bạn chí cốt bị giằng xé khi một trong số họ trở thành thành viên của một tổ chức tội phạm hung ác, đe dọa đàn áp băng nhóm của hội bạn cũ của cậu.

Năm băng đảng đối thủ thống trị khu vực SWORD đoàn kết để đối đầu với cuộc tấn công mạnh mẽ của 500 thành viên do ông trùm băng đảng huyền thoại cầm đầu.